Прямоугольное полотнище зеленого цвета с проходящей внизу горизонтальной полосой синего цвета, занимающей 1/5 ширины флага и несущее изображение желтого острога в виде палисада, составленного из колосьев, с деревянной желтой остроконечной башней с открытыми воротами. Отношение ширины флага к его длине 2:3.

Утвержден решением четвертой сессии Совета депутатов Мошковского района Новосибирской области первого созыва № 3 от 27 мая 2005 года.

Авторы флага: Кошелев А.В., Журавков А.Ю.

Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 1997.

Обоснование символики: Флаг Мошковского района разработан на основе герба Мошковского района. Зеленый цвет – символ надежды, изобилия, возрождения, жизненных сил, а также лесных богатств района. Золотой (желтый) цвет – символ радушия, гостеприимства, справедливости, богатства, самостоятельности. Лазоревый (синий, голубой) цвет – символ благополучия, мира, верности, развития, движения вперед, великой сибирской реки Обь, на берегах которой расположен район. Острог, стоящий над рекой, символизирует первый на территории Новосибирской области Умревинский острог, основанный в 1703 г. и являвшийся одним из форпостом освоения русскими юга Западной Сибири. В флаге района он символизирует преемственность, верность традициям, память поколений. Открытые ворота острога говорят о миролюбивости, открытости района, стремлении к сотрудничеству во всех сферах жизни. Колосья символизируют сельское хозяйство, являющееся основой богатства и изобилия района.